ABSTRACT
SARS-CoV-2 es un coronavirus de ARN que causa infecciones respiratorias como la actual pandemia de COVID-19. Los sistemas de salud combaten esta infección con cuidados paliativos; sin embargo, existen pocos tratamientos específicos para este patógeno. Este contexto representa la posibilidad de buscar tratamientos alternativos, como el uso de moléculas naturales. El objetivo de este estudio fue determinar in silico la interacción de péptidos de plantas aromáticas con proteínas específicas de SARS-CoV-2 que no comprometan la respuesta inmune. Se procesaron quinientos ochenta y tres péptidos con menos de 30 aminoácidos de Thymus vulgaris L., Cymbopogon citratus, Salvia officinalis, Ocimum basilicum L y Zingiber officinale. La metodología aplicó filtros de acuerdo a los más altos puntajes de docking molecular para encontrar 20 péptidos por cada planta. Los péptidos registraron interacción molecular fuerte de los sitios activos de las proteínas Spike RBD, S2 y Nsp4, empleando una energía de menos de 150 kcal/mol. La proteína Nsp4 mostró la mayor interacción con todas las especies. El 35% y el 65% de estos péptidos se registraron con baja activación de la respuesta inmune a través de la antigenicidad, puntuación inferior a 0,5 y ausencia de alergenicidad. Estos resultados indican el uso de moléculas de origen vegetal que pueden implementarse en el consumo para combatir la replicación viral del SARS-CoV-2.
SARS-CoV-2 is an RNA coronavirus that causes respiratory infections as the current COVID-19 pandemic. The health systems combat this infection with palliative care; however, there are few specific treatments for this pathogen. This context represents the possibility of searching for alternative treatments, such as using molecules from natural products. Our main objective was the in silico study of aromatic plant peptides and their interaction with specific proteins of SARS-CoV-2 that do not compromise the immune response. Five hundred eighty-three peptides with less than 30 amino acids from Thymus vulgaris L., Cymbopogon citratus, Salvia officinalis, Ocimum basilicum L, and Zingiber officinale were processed. The methodology applied filters according to the highest molecular docking scores to find 20 peptides for each plant species. The peptides show solid molecular interaction of the Spike RBD, S2, and Nsp4 proteins' active sites, using less than 150 kcal/mol energy. Nsp4 protein exposes the most interaction with all species. 35 and 65% of these peptides were recorded with low activation of the immune response through antigenicity, score below 0.5, and absence of allergenicity. These results indicate the use of plant-derived molecules that can be implemented in consumption to combat the viral replication of SARS-CoV-2.